L'interprétation des textes transcrits attestent que Néfertari aurait donné quatre fils et deux filles à Ramsès II. Il faut savoir que le terme "fils" ou "fille" employé dans les interprétations des textes correspond souvent à la notion de titre plus que de filiation.
Par conséquent rien ne prouve que Baketmout et Nefertari II soient ses filles, de même pour Sethy II.

La famille de Ramsès II est maintenant bien connue. Ses parents étaient issus du milieu militaire, et ce fait eut une grande importance dans la formation de la politique du roi. La reine mère, Touy, parfois surnommée Mout-Touy, a survécu jusque vers l'an 23 du règne de son fils, et il semble bien que son influence politique ait été réelle. Ramsès II avait une soeur, Tia, épouse du trésorier Tia ! Après de nombreuses discussions, il semble établi que Ramsès II n'a pas eu de frère. En revanche, la progéniture du roi est extrêmement abondante, puisqu'une centaine d'enfants sont attestés, mis au monde par plus d'une dizaine de reines et un plus grand nombre de concubines sans doute. La reine Néfertary "aimée de Mout" est la première épouse du roi chronologiquement, et son importance à la cour fut renforcée après qu'elle eut mis au monde le premier fils du roi Amonherounemef (plus tard appelé Amonherkhépéchef). Néfertary devait mourir en l'an 26 de Ramsès II, après avoir donné naissance aux princes Parêherounemef, Méryrê et Méryatoum, et aux princesses Baketmout, Néfertary II, Mérytamon et Hénouttaouy. 

Le tombeau préparé pour la reine dans la vallée des reines est sans doute le plus somptueux jamais creusé dans la falaise thébaine. La seconde épouse de Ramsès II est la reine Isisnofret, longtemps mal connue, mais dont le rôle est éclairé par les découvertes récentes. En effet, Isisnofret reste dans l'ombre jusqu'à la mort de Néfertary. Ensuite, elle devient première épouse jusqu'à sa mort vers l'an 34. Isinofret a mis au monde la première fille de Ramsès, Bentanat, puis les princesses Nébettaouy (?) et Isinofret II, et les princes Ramsès (deuxième fils du roi) et Khâemouaset (grand prêtre de Ptah) et Mérenptah (treizième fils du roi et son successeur). On connaît beaucoup moins bien les autres enfants de Ramsès II. Vers l'an 20, le roi reprend une pratique en cours sous Amenophis III et IV, il épouse une de ses filles, Bentanat. Suivront les mariages du roi avec Mérytamon (vers l'an 26), Nébettaouy et Hénouttaouy (vers l'an 30) et Hénoutmirê dont on ne connaît pas la mère (vers l'an 40 ?). Surtout, Ramsès II, perpétuant la tradition des mariages diplomatiques, épouse en l'an 34 la fille du roi hittite Hattousili III, qui reçu le nom égyptien de Maathornéférourê. Puis, vers l'an 40, il épouse une autre fille du souverain hittite.

Parmi ses épouses, la favorite de Ramses était  la belle Nefertari, qui alèsent les titres de grande épouse et maîtresse royale de l'Egypte supérieure et inférieure. « La belle, aimée de Mout » a épousé le grand pharaon Ramses II avant qu'il ait pris le trône. Elle semble qu'elle a été tenue dans l'estime la plus élevée et était la plus importante des épouses de  pharaon. Son statut est confirmé par le fait qu'elle était toujours dans l'entourage de Rames, même pendant des voyages importants. Elle était l'épouse principale de Ramses II souvent représenté à ses côté pendant au moins les vingt premières années de son règne. Bien plus élogieuse est l'appellation "reine de toutes les terres" qui est parfois ajoutée à son protocole : mais ce n'est sans aucun doute rare, étant donné que seulement Hatshepsout et Moutemouia l'incluent à leurs titres. L'épithète "jeune mariée de Dieu" est  également deux fois en son tombeau, un rappel que la reine a également occupé une fonction sacerdotale. L'examen soigneux des archives du règne prouve que Nefertari a occupé incontestablement un endroit important dans les affaires du royaume. Bien que des femmes en iconographie égyptienne soient habituellement dépeintes avec la peau jaune, Nefertari en son tombeau est une exception à cette règle antique : elle est toujours dépeinte avec le rouge, ou plutôt la peau de rose, comme si cette différence claire ai été prévue comme une coupure avec une tradition établie. Le tombeau de Nefertari, un des plus grands dans la vallée des Reine.

A 19 ans, elle est couronnée reine et grande épouse royale de Ramsès II lors de son accession au trône à l'âge de 25 ans. Elle prend le nom de Néfertari, la plus belle de toutes. Le harem est pourtant abondamment fourni d'épouses et concubines.

Les parents de Néfertari sont inconnus ; elle était peut-être d'origine relativement modeste. Son nom signifie « la plus belle », « la plus accomplie », et il est souvent suivi de l'épithète « aimée de Mout ». Deux références importantes : l'une à une grande ancêtre, la reine Ahmès-Néfertari ; l'autre à la déesse Mout, épouse d'Amon, maître de Thèbes. Néfertari épousa Ramsès avant qu'il ne succédât à son père, Séthi 1er ; elle porta des titres qui soulignèrent le rôle essentiel de la grande épouse royale : « souveraine du double pays », « celle qui préside à la Haute et à la Basse- Égypte », « la maîtresse de toutes les terres », « celle qui satisfait les dieux ».

Porteuse d'amour et de création, la parole de la reine procure le bonheur aux dieux et aux humains. Sa formulation rend doux le cœur d'Horus, à savoir le roi, et lui apporte la paix. Si l'on interprète les inscrïptions à la lettre, Néfertari aurait donné quatre fils et deux filles à Ramsès II ; mais la notion de « fils » et de « fille », nous l'avons vu, correspond très souvent à un titre. Sous son long règne, Ramsès II adopta un nombre considérable de « fils royaux » et de « filles royales », qui firent croire à certains égyptologues, qu'il avait été un géniteur forcené.

Néfertari fut présente aux côtés de Ramsès II, à Abydos, lors de la cérémonie au cours de laquelle le roi nomma Nébounénef grand prêtre d'Amon, s'assurant ainsi de la fidélité du riche et puissant clergé thébain. Néfertari joua un rôle actif dans les grands rituels d'État, indispensables pour perpétuer la prospérité des Deux Terres, comme la fête de Min ; on y voit, notamment, la reine tourner sept fois autour du roi en récitant des formules magiques. A l'instar d'un certain nombre de reines, Néfertari exerça une influence forte en politique étrangère. Au cours de longues négociations, nécessaires pour obtenir la paix avec les Hittites, elle correspondit avec son homologue, la reine du Hatti. Elles échangèrent bijoux et étoffes, et il est probable qu'une amitié naquit entre les deux souveraines.

Le roi, grand bâtisseur et guerrier, fait construire en son honneur à Abou Simbel en Nubie, à coté de son sanctuaire, un petit temple dédié à Néfertari et Hathor, la déesse de la danse, de la musique et de la joie. La reine est ainsi divinisée. La reine intervient dans les affaires politiques et spirituelles du pays. Elle est associée aux cérémonies religieuses et aux longues négociations du traité de paix avec les Hittites. L'Égypte et la capitale de l'empire, Pi-Ramsès, connaissent l'opulence. Elle meurt à l'âge de 40 ans, bien avant son époux qui disparaîtra à l'age de 90 ans après 67 années de règne.