Les premiers hommes apparaissent dans le Morvan au cours du Néolithique (de -5500 à – 2000 ans). Vers 600 avant J.C., les Celtes, venus de l’Europe Centrale, envahissent le pays. Les Éduens qui constituent la plus puissante de ces tributs contrôle un territoire qui s’étend de la Saône et Loire à la Loire et de l’Auvergne à l’Auxois. Leur capitale, Bibracte, se situe sur le Mont Beuvray à 800 mètres d’altitude. Ses remparts, le fameux mur des Gaules décrit par César,  courent sur un périmètre de 5 kilomètres.

Après la conquête romaine, une nouvelle cité s’établit dans la vallée de l’Arroux au point de rencontre de plusieurs voies. Baptisée « Augustodunum » en l’honneur de l’Empereur Auguste, Autun va devenir «la sœur et l’émule de Rome » avec temples, cirque, théâtre et amphithéâtre. Le christianisme commence à se répandre au IIème siècle après J.C. Saint-Martin évangélisera le Morvan.

Vers le IVème siècle, s’installent dans la région des peuplades venues de Germanie, parmi lesquels les Burgondes qui donneront leur nom à la Bourgogne. A partir de 1032, le Morvan fait partie du duché de Bourgogne. En 1146 Saint-Bernard viendra prêcher à Vézelay la deuxième croisade.

Pour lutter contre la misère et éviter les partages, les habitants se sont groupés : depuis le XVème siècle, se développent les communautés "taisibles" (c'est-à-dire tacites), ou associations familiales, à partir desquelles l'économie agricole a survécu.

Au XVIème siècle, le Morvan connaît un repeuplement et un regain d’activité avec l’invention du flottage du bois. Il continuera de vivre de ses forêts et de son élevage jusqu’à la Première Guerre Mondiale. Lors de la Deuxième Guerre Mondiale, il sera l’une des places fortes de la Résistance, mais subira nombres d’exactions et de dévastations.

Depuis, le Morvan a connu un fort exode rural auquel ont contribué le climat rude, le manque d’infrastructures et d’industries.